Resurser

Infrastrukturer

Covid-19 HPC Consortium

Konsortiet omfattar datorkapacitet från några av de mest kraftfulla och avancerade datorerna i världen. Det är möjligt att begära tilldelningar på upp till 6 månader.

ELIXIR Computing Resources

ELIXIR-noder har gjort ett brett utbud av datoresurser tillgängliga.

European Galaxy Covid-19 Project

Offentligt tillgängliga infrastrukturer och arbetsflöden för SARS-CoV-2-dataanalyser från olika vetenskapliga domäner (genomik, proteomik, metabolomik, keminformatik …).

Partnership for Advanced Computing in Europe (PRACE)

PRACE ger tillgång till högklassiga datorresurser i världsklass för forskare från akademi och industri. PRACE har ett snabbt granskningsspår för projektförslag som begär beräkningsresurser för att bidra till att minska effekterna av covid-19-pandemin.

Swe-Clarin

Swe-Clarin tillgängliggör textbaserade material och verktyg för textanalys. Det är en nationell nod i den europeiska infrastrukturen CLARIN (Common Language Resources and Technology Infrastructure).

Swedish National Infrastructure for Computing (SNIC)

SNIC är en nationell forskningsinfrastruktur som tillhandahåller storskaliga högpresterande datorresurser, lagringskapacitet och avancerat användarsupport för svenska forskare.

Data

Textdata

Se Texter och litteratur.

Kliniska prövningar

Clinicaltrial.gov

USA: s kliniska prövningar registreras.

EU Clinical Trials Register

Officiell databas över kliniska prövningar inom EU.

Global Clinical Trial Tracker

Karta över kliniska prövningar relaterade till covid-19 över hela världen.

International Clinical Trials Registry Platform

WHO: s databas över kliniska prövningar. Se även https://apps.who.int/trialsearch/.

Kliniska data och registerdata

Svenska Graviditetsregistret

Graviditetsregistret samlar uppgifter gällande alla gravida och nyfödda barn till mödrar med säkerställd covid-19.

LEOSS register

Anonymt register med covid-19-patientdata från över 200 sjukhus.

LIF coronavirus overview

Översikt över globala vaccin- och läkemedelsutvecklingsprojekt

Läkemedelsverkets sida om covid-19

Information om godkända läkemedel, läkemedel i löpande granskning, godkända coronavacciner, rapporterade biverkningar.

Epidemiologi och mobilitetsdata

Apple Mobility Trends

Covid-19 mobilitetsdata från Apple Maps.

Covid-19 Global Forecasting Kaggle Competition

Tränings- och testdata för en veckotävling i prognoser av covid-19 fall och dödsfall.

Covid-19 Symptom Tracker

Kartor med självrapporterade symptomdata från en svensk självrapporteringsapp.

European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC)

Rapporter om covid-19 fall över hela världen

GISAID/Nexstrain genomic epidemiology

Evolution och distribution över hela världen av SARS-CoV-2-genotyper.

Se även https://www.gisaid.org/epiflu-applications/next-hcov-19-app/.

Google Mobility Reports

Covid-19 mobilitetsdata från Google Maps.

Institute for Health Metrics and Evaluation (IHME) - COVID19 Projections

Förutsägelser för fall, tester, dödsfall och nödvändiga sjukhusresurser.

Johns Hopkins Covid-19 Dashboard

Se även https://systems.jhu.edu/research/public-health/ncov/.

Our World in Data

Covid-19-statistik över hela världen.

UNCOVER Covid-19 Challenge

Detta datasätt är en kuraterad samling av över 200 offentligt tillgängliga covid-19 datasätt från källor som Johns Hopkins, WHO, Världsbanken, New York Times och många andra. Den innehåller uppgifter om en mängd potentiellt kraftfull statistik och indikatorer, som lokala och nationella infektionshastigheter, global social distanspolitik, geospatial data om människors rörelse och mer. Uppgifterna levereras med en Kaggle-tävling som är värd av Roche Data Science Coalition (RDSC) som omfattar ett antal uppgifter som har utvecklats och utvärderats av globala leverantörer av frontlinjer, sjukhus, leverantörer och beslutsfattare.

Bilddata

Strukturella data

DeepMind structure predictions

Strukturprognoser för covid-19-relaterade proteiner från AlphaFold.

Xchem fragment screen data

Resultat från en stor kristallografisk fragmentskärm mot SARS-CoV-2 huvudproteas (MPro, PDB ID: 6YB7) utförd av XChem vid Diamond Light Source.

Verktyg och andra resurser

Artificiell intelligensmodeller

COVID_BERT_base model

En BERT-basmodell finjusterad på covid-19-relaterade texter för naturligt språkbearbetning.

National Library of Sweden - SweBERT models

Svenska BERT- och ALBERT-modeller för naturligt språkbearbetning.

Swedish Public Employment Service – Swedish BERT models

Svenska BERT-modeller för naturligt språkbearbetning.

Andra covid-19-verktyg

Covid-19 Cell Atlas

Förvar för cellspecifik uttrycksdata.

Covid-19 Disease Map

Covid-19 Disease Map är en sammansättning av molekylära interaktionsdiagram, upprättade baserat på litteraturbevis. Fokus ligger på värd-patogen-interaktioner specifika för SARS-CoV-2-viruset.

Skåne University Hospital 3D Printing Centre

Projektbeskrivningar för covid-19 3D-tryckprojekt och kontakter för volontärer.

Allmänna verktyg

BIAFlows

BIAFLOWS är en öppen källkods webbplattform för att benchmarka och reproduserbart BIA-arbetsflöden.

Bioimage Informatics Search Engine (BISE)

BISE är en sökmotor för verktyg, träningsmaterial och data för bioimage-analys.

ImJoy

ImJoy är en plugin-driven hybrid datorplattform för att distribuera applikationer för djup inlärning, t.ex. avancerade bildanalysverktyg.

scispaCy

scispaCy är ett Python-paket som innehåller spaCy-modeller för behandling av medicinsk text.

spaCy

spacy är ett naturligt språkbearbetningsbibliotek som integrerar djupa inlärningsmodeller för olika textanalysuppgifter.

Diskussionsgrupper, online-workshops, nätverk

AI Innovation of Sweden

Nationellt centrum för tillämpad AI-forskning och innovation. Värdar projekt, datalab, workshops och nätverksevenemang.

AI Lund

AI Lund är ett nätverk för forskning, utbildning och innovation inom området konstgjord intelligens. Det är värd av Lunds universitet och öppet för alla. AI Lund organiserar en två veckors online-diskussion (AI Lund drop-in), regelbundna workshops, träningsevenemang och andra aktiviteter. Webbplatsen har också en kanal med videor från tidigare händelser.

Crowdfight Covid-19

En plattform som förbinder covid-19-forskare med frivilliga experter från olika domäner.

Data against Covid-19 forum

Ett forum som kopplar samman kliniker, virologer, immunologer med maskinelever, bioinformatiker, epidemiologer och statistiker. För att posta frågor och hitta samarbeten.

ELLIS against Covid-19 online workshops

Denna serie online-workshops presenterar projekt för att hantera covid-19 med metoder för maskininlärning och AI, utförda av ledande internationella forskare. Forskningsämnen inkluderar utbredningsförutsägelse, epidemiologisk modellering, läkemedelsutveckling, virus- och värdgenomsekvensering och hantering av hälsovård. Möten kan delta i direktuppspelning eller ses som inspelningar.

Image.sc Forum

Forumets fokus är mjukvaruorienterade aspekter av vetenskaplig avbildning, särskilt (men inte begränsat till) bildanalys, behandling, förvärv, lagring och hantering av digitala vetenskapliga bilder. Det är det primära diskussionsforumet för bioimaging community.

NEUBIAS

NEUBIAS är ett nätverk av biobildningsanalytiker i Europa som syftar till att stärka bron mellan livsvetenskap, datavetenskap och digital bildbehandling. Den erbjuder också många träningsaktiviteter inklusive online-workshops och en YouTube kanal.

MakersofSweden Forum – Pandemihack channel

Diskussionsforum och länklista för tillverkare som arbetar med covid-19-projekt.

SciLifeLab Forum – Covid-19 channel

Diskussionsforum för svenska covid-19-samhället och SciLifeLab-infrastrukturer.

Utbildnings- och undervisningsresurser

AI Competence for Sweden

Kurser för konstgjord intelligens och utbildning för yrkesverksamma tillhandahålls av svenska universitet.

AI Lund TV

Videor från AI Lund workshops, seminarier och träningsevenemang, inklusive teknikorienterade ämnen och ämnen relaterade till medicin, etik och integritet.

Aitslab training collection

Lista över utbildningsresurser relaterade till datavetenskap och artificiell intelligens som är kuraterade av Cell Death, Lysosomes and Artificial Intelligence Group vid Lunds universitet.

ELLIS against Covid-19

Inspelningar från workshops som presenterar olika AI-projekt relaterade till covid-19.

Galaxy Training

Samling av tutorials utvecklade och underhållna av den globala Galaxy-gemenskapen.

NEUBIAS youtube channel

Videor relaterade till biobildsanalys.