SciLifeLab Genomics Platform
SciLifeLab Genomics Platform har ett antal olika anläggningar som erbjuder tjänster till forskare inom en rad olika tekniker.
Clinical Genomics Stockholm (Diagnostics Development)
I samarbete med Avdelningen för Klinisk mikrobiologi på Karolinska universitetssjukhuset kan SciLifeLab faciliteten Clinical Genomics Stockholm erbjuda SARS CoV-2 sekvensering enligt ARTIC protokollet. Som en del av samarbetet kan vi även erbjuda tillgång till BSL-3 laboratorier, high-capacity DNA extraction, sekvensering av amplikon och bioinformatisk analys. Vi har kapacitet att hantera tusentals prover och storskaliga projekt som behöver service och support.
Clinical Genomics Stockholm-anläggningen har utvecklat ett WGS-baserat arbetsflöde för att förstå genetisk variation, särskilt i inställningar för sällsynta sjukdomar. Detta arbetsflöde inkluderar datagenerering, bioinformatisk analys och tolkning i vårt specialutvecklade kliniska beslutssupportsystem Scout.
Vi tror att detta arbetsflöde kan vara användbart även för covid-19-projekt som syftar till att förstå värdens mottaglighet. Data genereras till 30x täckning med PCR-fria bibliotek, bioinformatisk analys är omfattande och inkluderar anrop av SNV, INDEL, CNV, SV, STR och UPD. Varianter bearbetas med hjälp av en rankningsmodell innan de görs tillgängliga för tolkning i Scout. Denna infrastruktur har använts för analys av >8000 WGS-prover, inklusive ett ökande antal covidpatienter.
Huvudfokus för anläggningen Clinical Genomics Stockholm och plattformen för diagnostikutveckling är att stödja övergången av NGS till translationella och diagnostiska inställningar. Samarbetspartners inkluderar forskningsgrupper, sjukvård, myndigheter, industri och internationella grupper. Besök vår webbplats för att lära dig mer om våra tjänster och kontakta oss på support@clinicalgenomics.se för att diskutera dit.
High Throughput Genome Engineering (HTGE)
SciLifeLab High Throughput Genome Engineering Facility erbjuder poolade CRISPR-skärmar från biblioteksdesign till dataanalys, allt från små, specialanpassade till genombredda guidebibliotek. I samband med SARS-CoV-2-forskning, metoden är särskilt användbar för att studera virus-värdinteraktioner och identifiera cellgener som krävs för virusinträde, replikering, förökning, frisättning etc.
För mer information om våra tjänster, se vår hemsida https://www.scilifelab.se/HTGE eller kontakta bernhard.schmierer@scilifelab.se.
National Genomics Infrastructure (NGI)
Vid SciLifeLab National Genomics Infrastructure (NGI) har vi ett brett utbud av sekvenseringsteknologier och kan erbjuda toppmoderna lösningar för många olika typer av covid-19-sekvenseringsprojekt.
Utöver instrumentering och next-generation sequencing erbjuder NGI även bibliotekspreparation samt support vid projektplanering och primär bioinformatisk analys. En stor del av de prov- och experimenttyper vi arbetar med kan vara till användning för forskning om covid-19, oavsett om det gäller studier av viruset självt eller dess interaktioner med värden.
NGI fokuserar främst på forskningsgrupper inom svensk akademi, men vi jobbar även med industri och internationella grupper. Besök vår hemsida https://ngisweden.scilifelab.se/contact/ för att få reda på mer om våra tjänster eller kontakta oss på support@ngisweden.se för att diskutera just ditt projekt.
Snabb cDNA- och direkt RNA-sekvensering av SARS-CoV-2 med Oxford Nanopore
RNA-virus (inklusive SARS-CoV-2, MERS, SARS) ackumulerar kontinuerligt förändringar i sina genom, vilka kan användas för att rekonstruera de epidemiologiska processer som driver spridningen av viruset. De flesta länder med pågående utbrott har sekvenserat virus från flera individer, vilket gör det möjligt att exempelvis spåra det geografiska ursprunget av regionala utbrott.
NGI har tilldelats pengar från SciLifeLab och Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse (KAW) för att sätta upp protokoll för sekvensering av SARS-CoV-2 på det snabba och portabla sekvenseringsinstrumentet Oxford Nanopore MinION.
Sekvenseringsprotokoll från ARTIC network
Vi har för avsikt att sätta upp det protokoll som redan har etablerats och validerats genom ARTIC network. Nätverket fokuserar på att spåra evolution och spridning av virusepidemier genom open-source protokoll för sekvensering och genom att möjliggöra datadelning. Ett validerat protokoll för sekvensering av SARS-CoV-2 (inklusive primers, laboratorieprotokoll, bioinformatisk handledning och dataset) finns tillgängligt. En viktig aspekt i ARTIC network är delningen av data över hela världen, och protokollet har använts brett i ett antal länder, inklusive Kina, Storbritannien och Island.
Direkt RNA-sekvensering
Med hjälp av Oxford Nanopore MinION är det möjligt att sekvensera RNA direkt utan att först konvertera RNA till cDNA. Vi har har för avsikt att använda denna unika funktion för att etablera ett protokoll som möjliggör direkt sekvensering av hela RNA-genomet hos SARS-CoV-2. Detta gör det möjligt att inte bara avläsa RNA-baserna i genomet, utan också epigenetiska modifieringar av baserna och, om så önskas, värdcellens RNA-repertoar. Metylering av specifika nukleotider i SARS-CoV-2-genom har redan rapporterats, men deras potentiella roll i virusbiologi, virusreplikation eller värd-patogen-interaktion är okända och en viktig aspekt att undersöka närmre.
För mer information om utvecklingen och tillgången till dessa metoder, vänligen kontakta oss på support@ngisweden.se.